发布: 7:30am 14/01/2021

宋明家.瞎子过疫河

作者: 宋明家

终于来了！

1月11日，卫生总监诺希山在脸书贴文说，我国测试了968个RNA样本，24个被用来进行基因组测序（genome sequencing），其中一病例感染英国B.1.1.7新变种病毒，成为继新加坡12月24日宣布发现该变种病毒后，第二个出现这种病例的东南亚国家。

山哥的国文和英文版本贴文，其实有些出入；英文版的翻译令人混淆，部分媒体也错误报道为“采集968份样本检测，进行基因组测序”；星洲日报的报道则正确无误：“检测968个样本，对24个样本进行基因组序列测定”。

目前全球多数国家都有对新冠病毒进行基因组测序；本栏2020年12月31日的〈我寻，故病毒在〉一文，提到我国的病毒基因组测序率偏低（0.27%；低于全球平均率0.37％），导致政府在鉴定病毒变异和监测疫情传播上，面临一些困难。

东南亚其他国家，包括新加坡（2.64％）、泰国（9.18％）、越南（7.84％）的基因组测序率，都比我国高；甚至穷国如菲律宾，也在1月6日宣布Phillippine Genome Center新近测序了305个病毒RNA基因组，加上现有的30个，他们的基因组总数是335；我国目前则只有295个基因组（引Global Initiative on Sharing All Influenza Data 的GISAID数据库），加上病毒学和基因组学领域专家同侪们提供的最新数据，一共是341个基因组。

也就是说，菲律宾这个人均收入（GDP per capita）3102美元的穷邻居，在使用新冠病毒基因组测序以监测疫情这档事上，做得比马来西亚（人均GDP为11373美元）更为认真和努力。

以下几点，解释为什么病毒基因组测序很重要，以及为什么我们需要一个全国病毒基因组监测系统：

（1）及时探测到新变种：

英国为什么能检测出B.1.1.7新变种，主要归功于它的全国大规模基因组测序计划；如果不是英国人的认真和努力，全世界现在可能还被变种病毒“蒙在鼓里”，也可能还不明白为什么病例突然增加得那么快（虽然致死率并没有提高）。目前英国的测序率为5.02%（156461基因组除以3118518个确诊病例；引1月12日的GISAID数据）；《纽约时报》1月6日的报道也说该国已有209038个基因组（部分数据尚未呈交GISAID），相等于6.7%测序率。

（2）统筹医疗人力和资源：

我国医疗资源有限，前线人力也不足；要做到妥善的资源管理和人力协调，以及未雨绸缪的协调工作，知“己”（能力在哪里）知“彼”（病毒有无变种？什么样的突变？出现在什么地方？）非常重要。

（3）监督病毒的演化途径：

有了基因组，科学家可以使用这些RNA资讯，来研究变种病毒的出现和演化、在我国的扩散途径、在什么地方开始出现、传播率如何等等，这些资讯都对政府的应对措施和政策设定很重要。

（4）研发出更快速的检测方法：

科学家可以研究更快捷、更便宜的检验方法，例如生物科技常用的“聚合酶链反应”（polymerase chain reaction）方法，可在短短两小时内，鉴定某病例是不是被变种病毒（如B.1.1.7）感染；这相对基因组测序和分析所需至少一天或一周以上的时间，是更省时、省力。

（5）观察病毒对现有疫苗的影响：

使用基因组的种种突变讯息，科学家可以制造出所需病毒株，以便“挑战”疫苗的有效性。最新的此类研究报告，是Pfizer和美国University of Texas Medical Branch联合团队1月7日在bioRxiv发表的初步数据（未经同侪评审），显示B.1.1.7变种的刺突S蛋白基因的N501Y变异（注1），并不会使Pfizer/BioNTech的mRNA疫苗失效。研究团队分别制造具有N501和Y501的病毒，施打在志愿者身上，结果发现该mRNA疫苗对变种病毒有防疫效果。该研究的弱点是只有区区20人的受试者，这在动辄数百至数千受试者的此类医学研究来说，是太少了；也就是说，这科学证据需要被深入研究以加强力度。

由于基因组测序经费昂贵（一个基因组花费约1000令吉），但和我国MCO期间的24亿令吉每日经济损失（引2020年4月25日网媒报道）比较，拨款数百万来提高测序率，真的很值得。

若卫生部联合全国各个研究型大学、研究机构、私立公司的实验室，一起成立“全国基因组测序”监督小组，就如让政府擦亮双眼，能对病毒变种的踪迹深入了解。

不了解变种病毒的踪迹，就无法让政府各个机构做好防疫工作。

就如瞎子过河 — 摸不着边、心里没底。

注1：N代表氨基酸“天冬酰胺”（Asparagine），Y为“酪氨酸”（Tyrosine）；这变异发生在S蛋白的第501个氨基酸，从原本的N突变为Y，所以被称为“N501Y”。

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