发布: 7:40am 04/02/2021

宋明家.基因组测序：重要！重要！重要！

作者: 宋明家

“重要”很重要，所以要说三遍。

对于新冠病毒基因组测序这码事，越来越多人注意到基因组测序很重要，同时也意识到我国政府单位的不足。

1月29日的《星报》报道了我国知名病毒学家林世杰教授的看法：“我国对冠病样本进行的基因组测序太少，可能错过由变异病毒引起的病例。”

笔者过去在本栏两篇文章里（12月31日〈我寻，故病毒在〉和1月14日〈瞎子过疫河〉），点出我国新冠病毒基因组测序率过低的问题，也解释为什么基因组测序很重要。这一次各大主要媒体大力报道林教授的意见，希望会引起卫生部的注意，更严正看待基因组测序的重要性。

〈我寻，故病毒在〉使用12月23日的GISAID（Global Initiative on Sharing All Influenza Data）数据，我国当时“基因组测序百分比”（已测序的基因组数目除以确诊总数）是0.30%，低于当时的0.37％全球平均率；泰国、越南和新加坡的百分比，都高过2%。

经过一个多月的抗疫奋斗，我国有没有做得更好？我们可以做些简单计算，看已被测序的“基因组百分比增长率”是多少。

截至2月1日的GISAID数据显示，马来西亚已测序321个病毒基因组，比12月23日的多出27个，增长率为9.18%。泰国和越南目前已测序基因组分别是697和142个，增长率是26.50%和24.56%，新加坡的则是12.26%（从1542增至1731个）。

以下其他国家这一个多月的“基因组增长率”数据，告诉我们世界各国是如何把基因组测序，当作其中一个抗疫头等要事：

（一）疫情比较受控的国家，基因组增长率都不高，例如：澳洲（4.55%）、纽西兰（7.45%）、台湾（9.50%）、新加坡（12.26%）。

（二）疫情愈发严重的国家，基因组增长率都很高，例如：英国（44.48%）、日本（78.11%）、韩国（92.57%）、加拿大（139.42%）、美国（74.40%）。请记得马来西亚属于这个组别，基因组增长率却是区区9.18%！

总的来说，我国在使用基因组来监督疫情这方面，是忽略了它的重要性，也输给东南亚邻居们很多个马鼻。

属于组别（二）的还有德国，确诊病例222万5659，但它的测序率却是非常尴尬的0.21%。

1月15日，德国卫生部发表声明，立志要力争上游提升新冠病毒基因组测序率至5%；这5%要求，是依据基因组测序佼佼者英国的5-10%。痛改前非的不只是德国，美、加两国因疫情严重，测序率也分别从0.69%和0.28%提升至1.11%和0.34%。

去年的历史教会我们，是英国“COVID-19基因组联盟”（COVID-19 Genomics UK Consortium）的测序努力，警惕了全世界有关新变种B.1.1.7的出现。至于为什么病毒基因组测序很重要，以及为什么我们亟需全国病毒基因组监测系统的其他种种原因，请参考拙作〈瞎子过疫河〉。

在这过去一个多月内，全世界测序平均率从0.37%已经提升至0.44%，显示世界各国对测序越来越看重；在我国，测序率因确诊数目连日剧增而猛挫一半，从0.30%跌至0.15%（321/214959），反而比世界平均率更低了！

林世杰教授也提到很重要的一点：“若卫生部因庞大的工作量，无法进行相关工作，学术界及私立实验室可提供帮助”。

前卫生总监依斯迈马力肯曾狠批卫生部，说他们“MOH-centric”（自我高傲）（引1月14日新闻报道）；许多公私立大学同侪和业界也非常认同这一点，认为卫生部的领导们在抗疫这回事闭门造车，联合学界合作的意愿很低。

我们公、私立大学和研究中心少说也有数百位基因组学、生物资讯学等相关领域的专家和学者，其他诸如马来西亚基因组研究院（Malaysia Genome Institute）、马来西亚医药研究中心（Institute for Medical Research Malaysia）等机构，都有基因组测序仪器和专家；只要卫生部良好统筹和高效谋划，大家就能更有效结合测序硬体（仪器、设备等）和软体（技术、分析专才等）的力量，一起共赴国难。

财务方面则完全不是问题；一个新冠病毒基因组测序花费约一千令吉（或更少），假设要提升测序率至2.5%，我们只需要策略性的筛测多5千个病毒，价格将是500万令吉。

这500万，对我国每天因疫情造成每日数亿令吉的损失，真的不算什么；为对抗疫情，卫生部今年获得的拨款也有近五亿令吉。

人才、器材、钱财我们都不缺，马来西亚迫切需要的，是卫生部“认真看待基因组测序”的强大意愿。

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