发布: 7:30am 14/01/2021

宋明家.瞎子過疫河

作者: 宋明家

終於來了！

1月11日，衛生總監諾希山在臉書貼文說，我國測試了968個RNA樣本，24個被用來進行基因組測序（genome sequencing），其中一病例感染英國B.1.1.7新變種病毒，成為繼新加坡12月24日宣佈發現該變種病毒後，第二個出現這種病例的東南亞國家。

山哥的國文和英文版本貼文，其實有些出入；英文版的翻譯令人混淆，部分媒體也錯誤報道為“採集968份樣本檢測，進行基因組測序”；星洲日報的報道則正確無誤：“檢測968個樣本，對24個樣本進行基因組序列測定”。

目前全球多數國家都有對新冠病毒進行基因組測序；本欄2020年12月31日的〈我尋，故病毒在〉一文，提到我國的病毒基因組測序率偏低（0.27%；低於全球平均率0.37％），導致政府在鑑定病毒變異和監測疫情傳播上，面臨一些困難。

東南亞其他國家，包括新加坡（2.64％）、泰國（9.18％）、越南（7.84％）的基因組測序率，都比我國高；甚至窮國如菲律賓，也在1月6日宣佈Phillippine Genome Center新近測序了305個病毒RNA基因組，加上現有的30個，他們的基因組總數是335；我國目前則只有295個基因組（引Global Initiative on Sharing All Influenza Data 的GISAID數據庫），加上病毒學和基因組學領域專家同儕們提供的最新數據，一共是341個基因組。

也就是說，菲律賓這個人均收入（GDP per capita）3102美元的窮鄰居，在使用新冠病毒基因組測序以監測疫情這檔事上，做得比馬來西亞（人均GDP為11373美元）更為認真和努力。

以下幾點，解釋為什麼病毒基因組測序很重要，以及為什麼我們需要一個全國病毒基因組監測系統：

（1）及時探測到新變種：

英國為什麼能檢測出B.1.1.7新變種，主要歸功於它的全國大規模基因組測序計劃；如果不是英國人的認真和努力，全世界現在可能還被變種病毒“矇在鼓裡”，也可能還不明白為什麼病例突然增加得那麼快（雖然致死率並沒有提高）。目前英國的測序率為5.02%（156461基因組除以3118518個確診病例；引1月12日的GISAID數據）；《紐約時報》1月6日的報道也說該國已有209038個基因組（部分數據尚未呈交GISAID），相等於6.7%測序率。

（2）統籌醫療人力和資源：

我國醫療資源有限，前線人力也不足；要做到妥善的資源管理和人力協調，以及未雨綢繆的協調工作，知“己”（能力在哪裡）知“彼”（病毒有無變種？什麼樣的突變？出現在什麼地方？）非常重要。

（3）監督病毒的演化途徑：

有了基因組，科學家可以使用這些RNA資訊，來研究變種病毒的出現和演化、在我國的擴散途徑、在什麼地方開始出現、傳播率如何等等，這些資訊都對政府的應對措施和政策設定很重要。

（4）研發出更快速的檢測方法：

科學家可以研究更快捷、更便宜的檢驗方法，例如生物科技常用的“聚合酶鏈反應”（polymerase chain reaction）方法，可在短短兩小時內，鑑定某病例是不是被變種病毒（如B.1.1.7）感染；這相對基因組測序和分析所需至少一天或一週以上的時間，是更省時、省力。

（5）觀察病毒對現有疫苗的影響：

使用基因組的種種突變訊息，科學家可以製造出所需病毒株，以便“挑戰”疫苗的有效性。最新的此類研究報告，是Pfizer和美國University of Texas Medical Branch聯合團隊1月7日在bioRxiv發表的初步數據（未經同儕評審），顯示B.1.1.7變種的刺突S蛋白基因的N501Y變異（注1），並不會使Pfizer/BioNTech的mRNA疫苗失效。研究團隊分別製造具有N501和Y501的病毒，施打在志願者身上，結果發現該mRNA疫苗對變種病毒有防疫效果。該研究的弱點是隻有區區20人的受試者，這在動輒數百至數千受試者的此類醫學研究來說，是太少了；也就是說，這科學證據需要被深入研究以加強力度。

由於基因組測序經費昂貴（一個基因組花費約1000令吉），但和我國MCO期間的24億令吉每日經濟損失（引2020年4月25日網媒報道）比較，撥款數百萬來提高測序率，真的很值得。

若衛生部聯合全國各個研究型大學、研究機構、私立公司的實驗室，一起成立“全國基因組測序”監督小組，就如讓政府擦亮雙眼，能對病毒變種的蹤跡深入瞭解。

不瞭解變種病毒的蹤跡，就無法讓政府各個機構做好防疫工作。

就如瞎子過河 — 摸不著邊、心裡沒底。

注1：N代表氨基酸“天冬醯胺”（Asparagine），Y為“酪氨酸”（Tyrosine）；這變異發生在S蛋白的第501個氨基酸，從原本的N突變為Y，所以被稱為“N501Y”。

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