发布: 7:40am 04/02/2021

宋明家.基因組測序：重要！重要！重要！

作者: 宋明家

“重要”很重要，所以要說三遍。

對於新冠病毒基因組測序這碼事，越來越多人注意到基因組測序很重要，同時也意識到我國政府單位的不足。

1月29日的《星報》報道了我國知名病毒學家林世傑教授的看法：“我國對冠病樣本進行的基因組測序太少，可能錯過由變異病毒引起的病例。”

筆者過去在本欄兩篇文章裡（12月31日〈我尋，故病毒在〉和1月14日〈瞎子過疫河〉），點出我國新冠病毒基因組測序率過低的問題，也解釋為什麼基因組測序很重要。這一次各大主要媒體大力報道林教授的意見，希望會引起衛生部的注意，更嚴正看待基因組測序的重要性。

〈我尋，故病毒在〉使用12月23日的GISAID（Global Initiative on Sharing All Influenza Data）數據，我國當時“基因組測序百分比”（已測序的基因組數目除以確診總數）是0.30%，低於當時的0.37％全球平均率；泰國、越南和新加坡的百分比，都高過2%。

經過一個多月的抗疫奮鬥，我國有沒有做得更好？我們可以做些簡單計算，看已被測序的“基因組百分比增長率”是多少。

截至2月1日的GISAID數據顯示，馬來西亞已測序321個病毒基因組，比12月23日的多出27個，增長率為9.18%。泰國和越南目前已測序基因組分別是697和142個，增長率是26.50%和24.56%，新加坡的則是12.26%（從1542增至1731個）。

以下其他國家這一個多月的“基因組增長率”數據，告訴我們世界各國是如何把基因組測序，當作其中一個抗疫頭等要事：

（一）疫情比較受控的國家，基因組增長率都不高，例如：澳洲（4.55%）、紐西蘭（7.45%）、臺灣（9.50%）、新加坡（12.26%）。

（二）疫情愈發嚴重的國家，基因組增長率都很高，例如：英國（44.48%）、日本（78.11%）、韓國（92.57%）、加拿大（139.42%）、美國（74.40%）。請記得馬來西亞屬於這個組別，基因組增長率卻是區區9.18%！

總的來說，我國在使用基因組來監督疫情這方面，是忽略了它的重要性，也輸給東南亞鄰居們很多個馬鼻。

屬於組別（二）的還有德國，確診病例222萬5659，但它的測序率卻是非常尷尬的0.21%。

1月15日，德國衛生部發表聲明，立志要力爭上游提升新冠病毒基因組測序率至5%；這5%要求，是依據基因組測序佼佼者英國的5-10%。痛改前非的不只是德國，美、加兩國因疫情嚴重，測序率也分別從0.69%和0.28%提升至1.11%和0.34%。

去年的歷史教會我們，是英國“COVID-19基因組聯盟”（COVID-19 Genomics UK Consortium）的測序努力，警惕了全世界有關新變種B.1.1.7的出現。至於為什麼病毒基因組測序很重要，以及為什麼我們亟需全國病毒基因組監測系統的其他種種原因，請參考拙作〈瞎子過疫河〉。

在這過去一個多月內，全世界測序平均率從0.37%已經提升至0.44%，顯示世界各國對測序越來越看重；在我國，測序率因確診數目連日劇增而猛挫一半，從0.30%跌至0.15%（321/214959），反而比世界平均率更低了！

林世傑教授也提到很重要的一點：“若衛生部因龐大的工作量，無法進行相關工作，學術界及私立實驗室可提供幫助”。

前衛生總監依斯邁馬力肯曾狠批衛生部，說他們“MOH-centric”（自我高傲）（引1月14日新聞報道）；許多公私立大學同儕和業界也非常認同這一點，認為衛生部的領導們在抗疫這回事閉門造車，聯合學界合作的意願很低。

我們公、私立大學和研究中心少說也有數百位基因組學、生物資訊學等相關領域的專家和學者，其他諸如馬來西亞基因組研究院（Malaysia Genome Institute）、馬來西亞醫藥研究中心（Institute for Medical Research Malaysia）等機構，都有基因組測序儀器和專家；只要衛生部良好統籌和高效謀劃，大家就能更有效結合測序硬體（儀器、設備等）和軟體（技術、分析專才等）的力量，一起共赴國難。

財務方面則完全不是問題；一個新冠病毒基因組測序花費約一千令吉（或更少），假設要提升測序率至2.5%，我們只需要策略性的篩測多5千個病毒，價格將是500萬令吉。

這500萬，對我國每天因疫情造成每日數億令吉的損失，真的不算什麼；為對抗疫情，衛生部今年獲得的撥款也有近五億令吉。

人才、器材、錢財我們都不缺，馬來西亞迫切需要的，是衛生部“認真看待基因組測序”的強大意願。

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