发布: 7:30am 09/12/2021

宋明家.跟不上病毒变异的病毒追踪

宋明家（科學工作者，任職於國外大學大馬分校）

科学家其实很清楚，人类不可能赢得这场和病毒的赛跑，但至少我们需要紧紧盯着它的变异步伐，以减低变异带来的风险。

科学战疫关键里，除了病毒的RT-PCR和抗原检测、疫苗接种和研发之外，病毒基因组测序是重中之重。

去年年末和今年年初，笔者在本地媒体发表共6篇评论，也通过公立大学同侪传达意见，希望政府加强病毒基因组测序，并解释“测序联盟”的重要性；除了及时探测新变异株，测序也让科学家得以观察病毒对疫苗的影响，以及监督病毒演化途径（参见本栏2020年12月31日、今年1月14日、2月4日的三篇拙作）。

今年1月，包括知名病毒学家林世杰教授在内的多位专家，也警惕政府“对染疫样本的基因组测序过低”，会错过变异病毒的病例。当时，我国冠病病毒基因组测序是处于一盘散沙、各自为政的局面，测序效率低之余，“测序率”（“基因组数目”除以“确诊病例”）更一直往下滑。

从“全球流感共享数据库”（Global Initiative on Sharing All Influenza Data；简称GISAID）基因组存储库数据，我们可以回顾我国过去一年基因组测序率的变化：

0.30%（2020年12月23日）> 0.15%（2021年2月1日）> 0.13%（4月20日）> 0.16%（6月7日）> 0.19%（11月7日）> 0.24%（12月7日）

目前的0.24%（6,297÷2,658,772），远远低于世界平均测序率2.20%（5,817,301÷264,953,611），也意味着我国在全球200个国家（包括某些国家外海领土）里，测序率排名144，远远落后比我国穷的许多国家，在东南亚则排在新柬菲泰汶五国之后。

这些数据，给了我们四个提示（或“教训”）：

（1）政治乱象影响抗疫表现

从2020年初喜来登政变后的一连串政治闹剧，众多领袖、部长、高官关心的不是保住官位，就是忙着开会对付政敌，严重影响包括基因组测序在内的抗疫部署；例如，政府迟至今年5月底，才决定加强基因组监测，当时我国测序率已下滑至约0.14%。

后来科学、工艺及革新部在6月初宣布拨款323万令吉，给UKM一教授带领研究机构（MGI、IMR）和公立大学（UM、UiTM、UNIMAS）进行基因组测序；以当时的0.16%测序率来看，拨款虽可稍稍提高测序率，但作用不大。

（2）基因组监测联盟很重要

从6月开始，政府增加拨款、改用统合资源的测序策略后，测序率慢慢提高；我国“确诊日至基因组上载GISAID的间隔期中位数”（Median days to deposition），也从过去的约60天，缩短至现今的42天（新加坡是7天）。

“联盟”（consortium）的意思，就是联合各个机构，结合有限测序资源、技术员、生物资讯人才，以获取所需基因组，英国COVID-19 Genomics UK Consortium就是测序联盟的全球表率；某些高科技国家，如德国、美国和加拿大，也曾忽略了联盟策略，但都在“痛改前非”后，测序率分别从去年12月的0.09%、0.28%、0.69%，猛增至现在的4.67%、3.70%、9.14%。

（3）我国亟需改善测序策略

基因测序仪生产商Illumina曾估计，若社区有1000人确诊，当中1至10人感染新变异毒株，就必须测序至少50个染疫样本（5%测序率），才有机会侦测到这0.1-1.0%的新变种。多数以科学抗疫的国家，都卯足全力，尽量超越、维持、或至少接近这5%标准。

也因如此，和我国确诊数相近的南非（3,031,694病例），从去年12月的0.29%提升至今天的0.80%（24,272基因组），这加上该国科学抗疫策略，包括基因组监测联盟Network for Genomic Surveillance in South Africa的实施，让科学家成功侦测到Omicron和Beta新变异株（两者皆为高关注变异株VOC），及时对全世界提出警告。而我国若一直徘徊在0.20%水平，就很难及时侦测新变异株。

（4）卫生部久治不愈的“后知后觉”

11月19日，一南非学生入境后确诊染疫，当时未测序所以毒株不详；11月24日，WHO宣布新VOC Omicron，我国卫生部提高警惕而测序染疫样本；12月2日，该部才知道这是Omicron病例。

另一例是此前人人担心的Delta Plus毒株亚种：10月7日，RT-PCR确诊两个由KLIA入境的病例；10月30日，UKM的测序证实两例皆为Delta Plus并上载基因组至GISAID；11月7日，卫生部才警觉这是Delta Plus。

“后知后觉”这陈年旧疾，是卫生部除了不尽人意的测序表现，需要加以改善的抗疫问题；同时，扩大测序团队的合作，纳入各个公、私立大学和生物科技业界的人才应用，也是该部应紧急采取的措施。

科学家其实很清楚，人类不可能赢得这场和病毒的赛跑，但至少我们需要紧紧盯着它的变异步伐，以减低变异带来的风险。

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