宋明家.跟不上病毒變異的病毒追蹤

目前的0.24%（6,297÷2,658,772），遠遠低於世界平均測序率2.20%（5,817,301÷264,953,611），也意味著我國在全球200個國家（包括某些國家外海領土）裡，測序率排名144，遠遠落後比我國窮的許多國家，在東南亞則排在新柬菲泰汶五國之後。

這些數據，給了我們四個提示（或“教訓”）：

（1）政治亂象影響抗疫表現

從2020年初喜來登政變後的一連串政治鬧劇，眾多領袖、部長、高官關心的不是保住官位，就是忙著開會對付政敵，嚴重影響包括基因組測序在內的抗疫部署；例如，政府遲至今年5月底，才決定加強基因組監測，當時我國測序率已下滑至約0.14%。

後來科學、工藝及革新部在6月初宣佈撥款323萬令吉，給UKM一教授帶領研究機構（MGI、IMR）和公立大學（UM、UiTM、UNIMAS）進行基因組測序；以當時的0.16%測序率來看，撥款雖可稍稍提高測序率，但作用不大。

（2）基因組監測聯盟很重要

從6月開始，政府增加撥款、改用統合資源的測序策略後，測序率慢慢提高；我國“確診日至基因組上載GISAID的間隔期中位數”（Median days to deposition），也從過去的約60天，縮短至現今的42天（新加坡是7天）。

“聯盟”（consortium）的意思，就是聯合各個機構，結合有限測序資源、技術員、生物資訊人才，以獲取所需基因組，英國COVID-19 Genomics UK Consortium就是測序聯盟的全球表率；某些高科技國家，如德國、美國和加拿大，也曾忽略了聯盟策略，但都在“痛改前非”後，測序率分別從去年12月的0.09%、0.28%、0.69%，猛增至現在的4.67%、3.70%、9.14%。

（3）我國亟需改善測序策略

基因測序儀生產商Illumina曾估計，若社區有1000人確診，當中1至10人感染新變異毒株，就必須測序至少50個染疫樣本（5%測序率），才有機會偵測到這0.1-1.0%的新變種。多數以科學抗疫的國家，都卯足全力，儘量超越、維持、或至少接近這5%標準。

也因如此，和我國確診數相近的南非（3,031,694病例），從去年12月的0.29%提升至今天的0.80%（24,272基因組），這加上該國科學抗疫策略，包括基因組監測聯盟Network for Genomic Surveillance in South Africa的實施，讓科學家成功偵測到Omicron和Beta新變異株（兩者皆為高關注變異株VOC），及時對全世界提出警告。而我國若一直徘徊在0.20%水平，就很難及時偵測新變異株。

（4）衛生部久治不愈的“後知後覺”

11月19日，一南非學生入境後確診染疫，當時未測序所以毒株不詳；11月24日，WHO宣佈新VOC Omicron，我國衛生部提高警惕而測序染疫樣本；12月2日，該部才知道這是Omicron病例。

另一例是此前人人擔心的Delta Plus毒株亞種：10月7日，RT-PCR確診兩個由KLIA入境的病例；10月30日，UKM的測序證實兩例皆為Delta Plus並上載基因組至GISAID；11月7日，衛生部才警覺這是Delta Plus。

“後知後覺”這陳年舊疾，是衛生部除了不盡人意的測序表現，需要加以改善的抗疫問題；同時，擴大測序團隊的合作，納入各個公、私立大學和生物科技業界的人才應用，也是該部應緊急採取的措施。

科學家其實很清楚，人類不可能贏得這場和病毒的賽跑，但至少我們需要緊緊盯著它的變異步伐，以減低變異帶來的風險。